Léta trvající boj svatobořických občanů proti obyvatelům Hraniček vyvrcholil počátkem roku 1939. Tehdy obecní rada sepsala prohlášení o nutnosti řešit romskou otázku ve státě, které odeslala úřadu předsednictva vlády. Toto prohlášení, v němž rada popisovala obtíže spojené s přítomností Romů v obci a mimo jiné se zmiňovala o potřebě umisťovat romské muže do kárných pracovních táborů, posloužilo jako vítaná záminka k rozpoutání útoku proti Romům jako celku.
Prvním restriktivním opatřením vydaným již protektorátní vládou byl zákaz kočování z 30. listopadu 1939. Ten se ovšem dotkl pouze hrstky svatobořických Romů, neboť většina z nich žila už dlouho usedle. V červenci 1940 pak obecní rada vystoupila s žádostí o úplnou likvidaci osady, což se jí definitivně splnilo v dubnu 1941, kdy byla poslední rodina vystěhována do jedné z okolních obcí a romské příbytky byly následně zbořeny.
Obyvatelé Hraniček byli rozmístěni po celém kyjovském okrese, v němž podle údajů z prvního čtvrtletí roku 1942 žilo 68 romských rodin, tedy 321 osob. Po hromadném soupisu ze srpna 1942 byla část těchto obyvatel poslána k internaci do cikánského tábora v Hodoníně, zatímco většina byla v březnu roku 1943 nejdříve transportována do sběrného místa a odtud následně deportována do táborového komplexu v Osvětimi II – Březince. Jednalo se o 216 osob, z nichž pouze několik jednotlivců bylo ze sběrného místa výjimečně propuštěno.
Z bývalých obyvatel Hraniček internaci v koncentračních táborech přežily pouze čtyři osoby. Druhou světovou válku dále přežilo několik osob z rodu Pavla Holomka, který obýval domek přímo v obci Svatobořice. Mezi nejvýznamnější z těchto osob patří jeho syn Tomáš Holomek, který se později stal prvním romským vystudovaným právníkem na našem území.